W początkach 2000 r. profesor politologii z Nowego Jorku Jan Tomasz Gross w eseju w księdze „Europa nieprowincjonalna” ogłosił relację nieżyjącego już Szmula Wasersztajna z Jedwabnego złożoną w 1945 r. Żydowskiej Komisji Historycznej w Białymstoku. Mówił on wtedy, że 10 lipca 1941 r. na rozkaz Niemców grupa Polaków, mieszkańców miasteczka i okolic, zebrała na rynku 1600 miejscowych Żydów, przez wiele godzin znęcała się nad nimi, po czym zagnała do stodoły i spaliła.

W maju 2000 r. sprawę opisała „Rzeczpospolita”. Po zestawieniu relacji ze wspomnieniami świadków i z literaturą przedmiotu gazeta potwierdziła, że 10 lipca w Jedwabnem i 7 lipca w pobliskim Radziłowie część miejscowych Polaków uczestniczyła w mordzie.

Po swym eseju i obejrzeniu zdjęć do filmu dokumentalnego Agnieszki Arnold o zbrodni w Jedwabnem „Sąsiedzi”, Gross pod koniec maja 2000 r. w książce pt. „Sąsiedzi. Historia zagłady żydowskiego miasteczka” sformułował tezę, że bezpośrednią odpowiedzialność za mord w Jedwabnem ponoszą nie Niemcy, lecz polscy wykonawcy.

31 sierpnia 2000 r.

Prof. Witold Kulesza, nowo powołany szef Głównej Komisji Ścigania Zbrodni Przeciw Narodowi Polskiemu, części Instytutu Pamięci Narodowej, zapowiedział, że rozpocznie się śledztwo ws. mordu na Żydach w Jedwabnem.

14 lutego 2001 r.

Podczas spotkania z działaczami żydowskimi w waszyngtońskim Muzeum Holocaustu prezes IPN prof. Leon Kieres potępił pogrom w Jedwabnem i obiecał przeprowadzenie gruntownego śledztwa w tej sprawie. – Dziś nie znamy jeszcze dokładnego przebiegu wydarzeń, które tam zaszły. Nie znamy dokładnej liczby ofiar. Nie można jednak zaprzeczyć, że w Jedwabnem byli Żydzi, którzy zginęli z rąk Polaków. Nie ma nic w historycznych okolicznościach lub motywach sprawców, co mogłoby złagodzić moralną wymowę tego haniebnego czynu – mówił prof. Kieres.

2 marca 2001 r.

Prezydent Aleksander Kwaśniewski w wywiadzie dla izraelskiej gazety „Jedijot Achronot” zapowiedział, że ze strony polskiej padną przeprosiny związane z pogromem w Jedwabnem: „Za tę dramatyczną sprawę, niezależnie od inspiracji, powodów, tła historycznego, które doprowadziło do tego faktu, niewątpliwie należą się słowa najwyższego hołdu dla ludności żydowskiej tam mieszkającej. Sądzę, że obchody sześćdziesiątej rocznicy tego mordu będą okazją, żeby tego rodzaju akt przeprosin miał miejsce”. Prezydent zastrzegł, żeby nie zapominać, „kto zorganizował Holocaust, kto wywołał II wojnę światową”.

4 marca 2001 r.

W reakcji na pismo rabina gminy wyznaniowej żydowskiej w Warszawie prymas Polski Józef Glemp powiedział, że Kościół katolicki chętnie połączy się w żałobie z gminą żydowską w Polsce i odbędzie wspólną modlitwę za ofiary mordu w Jedwabnem z 1941 roku.

5 marca 2001 r.

Mieszkańcy Jedwabnego powołali społeczny komitet obrony dobrego imienia miasta. Uważali, że prezentowane opinie o okolicznościach mordu Żydów w Jedwabnem w 1941 roku są jednostronne i niezgodne z prawdą. Domagali się m.in. dokładnego ustalenia liczby ofiar mordu Żydów w tej miejscowości i rzeczywistego udziału w tym zdarzeniu Polaków.

6 marca 2001 r.

– Naszym obowiązkiem jest godne uczczenie pamięci ofiar mordu w Jedwabnem oraz rzetelne ustalenie prawdy – oświadczył premier Jerzy Buzek. Zapowiedział, że prowadzone przez IPN śledztwo „ustali szczegółowo okoliczności zbrodni i wskaże jej sprawców”. Dodał, że „udział Polaków w zbrodni w Jedwabnem jest bezsporny – nie zaprzecza temu żaden poważny historyk”.

8 marca 2001 r.

Wezwania do ogólnonarodowych przeprosin Żydów za mord w Jedwabnem w 1941 r. są „co najmniej przedwczesne” oraz „mocno przesadzone” – napisał w oświadczeniu ppłk. Stanisław Karolkiewicz, prezes Światowego Związku Żołnierzy Armii Krajowej. ŚZŻAK stwierdził też, że jeśli się okaże, iż istotnie miejscowi Polacy są winni zbrodni, to „wtedy przyjdzie czas na pokajanie i przeprosiny, ale ze strony faktycznych winowajców, a nie ze strony całego narodu”.

10 marca 2001 r.

Jan Nowak-Jeziorański, w czasie II wojny światowej kurier polskiego rządu i wieloletni szef sekcji polskiej Radia Wolna Europa, napisał w oświadczeniu, zachodzi „paląca potrzeba jakiegoś symbolicznego aktu, który stałby się wyrazem żalu i zadośćuczynienia za zbrodnię i okrucieństwo, którego dopuścili się nasi rodacy”. Zaznaczył, że „jej potępienie przez samą Polskę musi wyprzedzić reakcję opinii światowej”.

11 marca 2001 r.

Do rachunku sumienia i udziału w porządkowaniu miejsc związanych z pogromem Żydów 10 lipca 1941 r. w Jedwabnem wezwał mieszkańców miasteczka biskup łomżyński Stanisław Stefanek. Przyjechał tam na niedzielną sumę, by – jak powiedział – „modlić się wraz z mieszkańcami w obliczu niespotykanego ataku na Jedwabne, ataku na rozumienie II wojny światowej i historii najnowszej”.

13 marca 2001 r.

Rabin Warszawy i Łodzi Michael Schudrich odebrał dyplom „Człowieka Pojednania”, nagrody przyznanej przez Polską Radę Chrześcijan i Żydów. Podczas uroczystości powiedział, że jest dumny z tego, iż mieszka w Polsce, wśród ludzi, którzy są gotowi i otwarci – choć nie wszyscy – na poznanie prawdy, a także, że „prawda o Jedwabnem pozwoli nam wspólnie budować lepszą przyszłość”.

14 marca 2001 r.

Prezes IPN Leon Kieres uzgodnił z Kolegium IPN, w skład którego wchodzą historycy, prawnicy i publicyści, tekst oświadczenia w sprawie mordu w Jedwabnem. „Dramat wydarzeń w Jedwabnem nie może być podstawą do krzywdzących uogólnień w ocenie postaw Polaków w czasie tragicznych lat II wojny światowej” – zaznaczył w oświadczeniu. Dodał, że IPN „kieruje się przekonaniem, że wymordowanie żydowskich sąsiadów nie zostało dokonane w imieniu naszego Narodu” i że „przynależność do rodziny narodów cywilizowanych wyklucza jakiekolwiek usprawiedliwienia dla mordowania dzieci, kobiet i mężczyzn z powodów narodowych, politycznych, społecznych, rasowych lub religijnych, nakazując traktowanie takich czynów jako skierowanych przeciwko całej ludzkości”.

15 marca 2001 r.

Z pomnika ofiar mordu Żydów w Jedwabnem został usunięty napis, że dokonali go Niemcy. Napis ten brzmiał: „Miejsce kaźni ludności żydowskiej. Gestapo i żandarmeria hitlerowska spaliła żywcem 1600 osób 10 lipca 1941 roku”. Według komunikatu Rady Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa głaz upamiętniający zamordowanych Żydów został rozebrany: „Rozbiórka pomnika – uzgodniona z władzami Jedwabnego – wiąże się z planowanym nowym uporządkowaniem i upamiętnieniem miejsc związanych z wydarzeniami jakie rozegrały się w Jedwabnem w lipcu 1941 roku”.

28 marca 2001 r.

Andrzej Przewoźnik, sekretarz generalny Rady Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa poinformował, że Rada ustaliła dokładne miejsce w Jedwabnem, w którym stała stodoła, gdzie spalono żydowskich mieszkańców oraz miejsce pochówku tych osób. Ustalenie dokładnego miejsca zbrodni miało pomóc m.in. w wytyczeniu przyszłego cmentarza.

7 kwietnia 2001 r.

Abp Józef Życiński, metropolita lubelski, zareagował na apel honorowego prezesa Muzeum Holocaustu w Waszyngtonie Milesa Lermana, który podczas spotkania z ministrem spraw zagranicznych Władysławem Bartoszewskim wzywał polskie duchowieństwo do podjęcia się przywódczej roli w odsłonięciu pełnej prawdy o pogromie Żydów w Jedwabnem. Życiński powiedział, że polskie duchowieństwo może odegrać „ważną rolę w kształtowaniu nowej jakości w relacjach polsko-żydowskich, która jest inspirowana dobrem naszego kraju”.

3 kwietnia 2001 r.

W USA ukazała się książka Grossa „Sąsiedzi”. W jednym z pierwszych komentarzy, w „New York Timesie”, Tina Rosenberg, autorka książek o rozrachunkach z historią w krajach byłego bloku sowieckiego, odniosła się do działań polskiego rządu i reakcji społeczeństwa: „Jest to poważna reakcja, ilustrująca postępy Polski w jej stosunku do mniejszości narodowych, co świadczy, że staje się ona krajem normalnym”.

13 kwietnia 2001 r.

Prymas Glemp powiedział, że nie pojedzie do Jedwabnego w 60. rocznicę mordu Żydów, by nie robić demonstracji. Nie chciałbym robić z Jedwabnego widowiska. Jestem gotów do innych form modlitwy przebłagalnej za winy Polaków – zadeklarował.

23 kwietnia 2001 r.

Prokuratura Rejonowa w Sejnach, miejscowa dla wydawcy książki, Ośrodka „Pogranicze”, odmówiła wszczęcia dochodzenia przeciwko Janowi T. Grossowi, autorowi „Sąsiadów”. Zawiadomienia o popełnieniu przestępstwa złożyły: Stronnictwo Narodowe, Stowarzyszenie Przeciwko Antypolonizmowi Leszka Bubla i pismo „Polskie Sprawy” z Poznania. Domagały się ścigania naukowca za publiczne znieważanie narodu polskiego oraz nawoływanie w jego publikacji do nienawiści na tle różnic narodowościowych.

11 maja 2001 r.

Daria Nałęcz, szefowa Archiwów Państwowych, ujawniła rozkaz szefa RSHA Reinharda Heydricha z 1 lipca 1941 r. dotyczący wciągania „antykomunistycznie i antyżydowsko nastawionych Polaków” do pogromów w 1941 r. po agresji Niemiec na ZSRR. – To wskazuje na zamierzoną akcję niemiecką – powiedziała historyczka o rozkazie skierowanym do dowódców tzw. Einsatzgruppen, specjalnych jednostek likwidacyjnych SS przeznaczonych do mordowania Żydów i komisarzy Armii Czerwonej na tyłach frontu wschodniego.

18 maja 2001 r.

IPN wystąpił do Rady Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa o możliwość przeprowadzenia ekshumacji ofiar mordu w Jedwabnem.

22 maja 2001 r.

Podczas spotkania z ministrem sprawiedliwości Lechem Kaczyńskim i prezesem IPN Leonem Kieresem rabina Michaela Schudricha i przedstawicieli Związku Gmin Wyznaniowych Żydowskich w RP: Stanisława Krajewskiego i Piotra Kadlcika przedstawiciele strony żydowskiej przyjęli do wiadomości, że ekshumacja zostanie przeprowadzona „zgodnie z polską procedurą karną i z udziałem rabinów”. Wcześniej Schudrich przekonywał ministra, że ekshumacja w Jedwabnem jest niepotrzebna i sprzeczna z tradycją żydowską, która głosi, że szczątki ludzkie powinny spokojnie spoczywać w miejscu pochówku.

27 maja 2001 r.

Podczas specjalnego nabożeństwa w Warszawie Episkopat Polski pod przewodnictwem prymasa Polski kardynała Glempa prosił Boga o wybaczenie wszelkiego zła, jakie ze strony Polaków dotknęło Żydów w Jedwabnem i innych miejscach. Biskupi wyrazili żal i skruchę w specjalnej przygotowanej na tę okazję modlitwie przebłagalnej. Modlili się również za tych, którzy ginęli, ratując Żydów. Nabożeństwo zakończyła modlitwa napisana przez papieża Jana Pawła II w intencji narodu żydowskiego.

28 maja 2001 r.

Sekretarz generalny ROPWiM Andrzej Przewoźnik przedstawił tekst inskrypcji, który miał się znaleźć na upamiętnieniu ofiar mordu w Jedwabnem: „Pamięci Żydów z Jedwabnego i okolic, mężczyzn, kobiet, dzieci, współgospodarzy tej ziemi, zamordowanych oraz żywcem spalonych w tym miejscu 10 lipca 1941 roku. Ku przestrodze potomnym, by rozpalony przez niemiecki nazizm grzech nienawiści już nigdy nie obrócił przeciwko sobie mieszkańców tej ziemi. Jedwabne 10 lipca 2001”. Ambasador Izraela w Polsce Szewach Weiss skomentował: – W takich sprawach trzeba mieć i sprawiedliwość, i odwagę, i tu, i tam kompromisy, ale za daleko ten kompromis.

31 maja 2001 r.

Amerykański tygodnik “New Republic” opublikował polemikę redaktora naczelnego „Gazety Wyborczej” Adama Michnika z tekstem amerykańskiego specjalisty od Holokaustu Leona Wieseltiera, który napisał m.in., że „było znacznie więcej Polaków morderców” niż tych, którzy zdecydowali się ich ratować. Michnik podkreślił, że w debacie o Jedwabnem Polacy otwarcie stawili czoło bolesnym faktom ze swej historii, natomiast Wieseltier zdaje się tego nie dostrzegać i powiela „wygodne żydowskie stereotypy” na ich temat: „Tak, byli Polacy, którzy w czasie okupacji popełnili zbrodnie na Żydach. Ale zbrodnie te zostały potępione przez emigracyjny rząd londyński i były karane przez polskie podziemie. (…) Każdy Polak ma obowiązek spojrzeć żydowskimi oczami na cierpienie Żydów, aby je lepiej zrozumieć. I ty także powinieneś spróbować dojrzeć w swym polskim rozmówcy przyjaciela, który boryka się ze swoją trudną historią, a nie antysemitę i krętacza” – zwrócił się Michnik do Wieseltiera.

4 czerwca 2001 r.

Rozpoczęta 1 czerwca ekshumacja zakończyła się znalezieniem i przekazaniem do szczegółowych badań blisko 100 łusek, nabojów i tzw. łódek od karabinów. Przebadano m.in. pół tony mieszaniny popiołu, ziemi i szczątków ludzkich. Oszacowano, że są tam szczątki ok. 50 dorosłych osób, które po przebadaniu zostały na powrót umieszczone w wykopie i przysypane. Zgodnie z ustaleniami ze środowiskami żydowskimi, nie ruszano z miejsca zachowanych kości. Warstwę takich szczątków odkryto pod warstwą mieszaniny popiołu, ziemi i szczątków.

13 czerwca 2001 r.

Andrzej Przewoźnik poinformował, że tekst inskrypcji na nowym pomniku nagrobnym upamiętniającym ofiary mordu w Jedwabnem został skrócony o część kontrowersyjną dla środowisk żydowskich. Nowa wersja (w językach polskim, hebrajskim i jidisz) brzmiała: „Pamięci Żydów z Jedwabnego i okolic, mężczyzn, kobiet, dzieci, współgospodarzy tej ziemi, zamordowanych, żywcem spalonych w tym miejscu 10 lipca 1941 roku. Jedwabne 10 lipca 2001 roku”. Z pierwotnej treści usunięto zdanie: „Ku przestrodze potomnym, by rozpalony przez niemiecki nazizm grzech nienawiści już nigdy nie obrócił przeciwko sobie mieszkańców tej ziemi”. Na pomniku umieszczono także hebrajski tekst modlitwy za zmarłych.

14 czerwca 2001 r.

W liście do prezydenta Kwaśniewskiego dziekan i założyciel centrum Szymona Wiesenthala, rabin Marvin Hier, napisał, że pominięcie w inskrypcji na pomniku, iż sprawcami mordu w Jedwabnem byli Polacy, „nie tylko zniekształca prawdę i historię, lecz także bezcześci pamięć” zabitych.

10 lipca 2001 r.

– Jako człowiek, obywatel i jako prezydent Rzeczypospolitej Polskiej przepraszam. Przepraszam w imieniu swoim i tych Polaków, których sumienie jest poruszone tamtą zbrodnią. W imieniu tych, którzy uważają, że nie można być dumnym z wielkości polskiej historii, nie odczuwając jednocześnie bólu i wstydu z powodu zła, które Polacy wyrządzili innym – powiedział podczas uroczystości w Jedwabnem prezydent Kwaśniewski. Podkreślił, że za śmierć Żydów z Jedwabnego, Radziłowa i innych miejscowości „odpowiedzialność ponoszą ich sprawcy i inspiratorzy”.

– Każdy człowiek odpowiada tylko za własne czyny. Synowie nie dziedziczą win ojców. Ale czy wolno nam powiedzieć: to było dawno, to byli inni? Naród jest wspólnotą. Wspólnotą jednostek, wspólnotą pokoleń – dodał.

– Państwo polskie nie było w stanie obronić swych obywateli przed mordem dokonanym z hitlerowskim przyzwoleniem, z hitlerowskiej inspiracji – powiedział prezydent. Na uroczystościach rząd reprezentował szef MSZ Władysław Bartoszewski, który był także przewodniczącym Rady Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa.

16 lipca 2001 r.

W prasie w USA pojawiło się kilka głosów wyrażających uznanie dla Kwaśniewskiego za przeprosiny w Jedwabnem. „Polski prezydent uważa, że Polacy są teraz wystarczająco silni, aby móc powiedzieć, że to ich rodacy popełnili zbrodnię sprzed 60 lat. Jego darem dla swego kraju i dla świata było przesłanie, że jeśli nie przyznamy przed samymi sobą, że wini są winni, bratobójstwo będzie się powtarzać” – napisał A.M.Rosenthal, były redaktor odpowiedzialny „New York Timesa”, a wcześniej korespondent tej gazety w Polsce. „New York Times” zamieścił też list rabina Zeva Friedmana, który wyeksponował bojkot uroczystości w Jedwabnem przez niektóre środowiska i postawę negacji polskiej odpowiedzialności za masakrę: „Powinno się odmówić pełnego przyjęcia do zachodniej rodziny narodów każdemu bałtyckiemu czy wschodnioeuropejskiemu krajowi, który nie okazuje pełnego potępienia zbrodni przeciw ludzkości, popełnionych przez ich rodaków w czasie II wojny światowej”.

19 grudnia 2001 r.

Prokurator Radosław Ignatiew poinformował, że IPN uznał za wysoce mało prawdopodobną tezę, iż pod stodołą w Jedwabnem strzelano do Żydów, gdyż ekspertyza łusek znalezionych w czasie ekshumacji wykazała ich pochodzenie albo z broni, która weszła na wyposażenie Niemców dopiero w 1942 r., albo z I wojny światowej. – Nie uzyskaliśmy dotychczas dowodów, które by wskazywały, że oprócz ośmiu żandarmów, o czym wcześniej wiedziano, w Jedwabnem były inne umundurowane formacje niemieckie – powiedział Leon Kieres, prezes IPN.

18 kwietnia 2002 r.

91-letni były dowódca komando gestapo z Ciechanowa obersturmfuehrer Herman Schaper był ostatnim świadkiem przesłuchanym w śledztwie IPN ws. mordu na Żydach w Jedwabnem. Na pytanie o pogromy w pobliżu Łomży odpowiedział, że „dochodziło do dzikich akcji tubylczej ludności i jakichś oddziałów”. Zastrzegł, że nie wie, „jakie to były oddziały”.

9 lipca 2002 r. IPN ogłosił końcowe ustalenia śledztwa ws. zamordowania żydowskich mieszkańców Jedwabnego. Według IPN mordu Żydów 10 lipca 1941 r. dokonała ok. 40-osobowa grupa polskiej cywilnej ludności, która miała w nim „rolę decydującą”, ale inspiratorami byli Niemcy, choć ich roli do końca nie da się ustalić.

– Zasadne jest przypisanie Niemcom sprawstwa tej zbrodni. Obecność choćby biernie zachowujących się niemieckich żandarmów z posterunku w Jedwabnem, a także innych umundurowanych Niemców – jeśli założyć, że byli obecni na miejscu zdarzeń – była równoznaczna z przyzwoleniem i tolerowaniem dokonania zbrodni – powiedział prokurator Ignatiew.

Śledztwo IPN wykluczyło, by w Jedwabnem zostało zamordowanych 1600 Żydów. Przypuszczalnie było to około 300 osób, na co wskazały ekspertyzy po ekshumacji.